二次发酵或熟成期
在熟成期发生反应仍然还是酵母的主要的功能，有活力的主发酵阶段结束了，大多数的麦芽糖已经被转化成酒精，并且大量的酵母细胞都将进入休眠状态，但是仍有一些酵母细胞仍然留有活性。
二次发酵期会让剩余的可发酵物缓慢减少，酵母已先摄取了大多数容易发酵的糖类物质，现在将注意力转移到了其他地方，开始作用于像麦芽三糖这样的大分子糖，同时酵母也会消耗一些它们在先前快速进行的主发酵过程中所产生的副产品，但是在这个阶段也有它的不良面。
在某些条件下，酵母也会消耗麦汁渣质中的化合物，这些“化合物”的发酵会生成好几种异味，另外在发酵桶底部处于休眠状态的酵母开始分泌更多的氨基酸和脂肪酸，若让经过主发酵的啤酒中这些渣质和酵母饼混在一起的时间太长（大约超过三个星期）会产生明显的肥皂味道，若更进一步经历更长的时间，酵母会开始死亡和分解此即酵母自溶（autolysis），生成橡胶味、硫磺味或其他气味，基于这些原因在熟成期让啤酒与渣质和休眠的酵母分离是很重要的。
在自酿啤酒社团之间有着许多关于将啤酒转桶到二次发酵桶的价值争论，特别是爱尔型啤酒，许多经验丰富的酿酒者表明，那样做不但没有味觉上的好处，反而有让啤酒受到污染的危险，就算有点好处，为了少得可怜的好处而花费额外的时间也不值得。首先我同意对于一个新手而言，第一次酿造低麦汁比重的淡色爱尔型啤酒，那样子做所冒的风险要大于受益，但我一直在强调转桶一定要小心，排除渣物的二次发酵几乎对所有类型的啤酒都有好处，现在我建议酿酒新手在获得转桶和清洁卫生的经验之前只应用单一发酵。
留在主发酵桶里-3周时间的淡色爱尔型啤酒与使用单一发酵阶段的爱尔型啤酒（也就是没有使用二次发酵桶）相比可以提供较多的时间进行熟成反应和改进成品啤酒的质量。这些额外的时间同时会让更多的沉淀物在装瓶前分离出来，这样酿造出的啤酒更清澈，同时也较容易倒酒。
8.3熟成过程
熟成过程也是酵母的一个功能之一，旺盛有力的主发酵结束了，大多数的麦芽糖已经被转化成酒精，许多的酵母都将进入休眠，但仍然还具有酵母活性，在早期阶段除了酒精和二氧化碳以外，酵母还制造出许多不同的化合物，例如：乙醛（acetaldehyde）、酯类（esters）、氨基酸、酮－双乙酰（ketones-diacetyl）、戊二酮（pentanedione）、二甲基硫（dimethylsulfide）等等。一旦容易吸收的食物消耗完，酵母就会开始重新处理这些副产物，双乙酰和戊二酮是两种具有黄油和像蜂蜜一样的味道的酮类物质。当这些化合物大量出现在啤酒中并导致储酒期的风味稳定性的问题，这会被认为是种缺陷。乙醛是一种有明显的绿苹果口味和气味的醛类，它是生成酒精的中间产物，在稍后的发酵过程中酵母会使这些化合物减少。
在主发酵过程中，除了酒精以外，酵母同样也会制造出一系列的杂醇。杂醇是大分子量的高级醇类，通常会给啤酒带来涩口的像溶剂一样的（solvent-like）味道，在二次发酵过程中，酵母会将这些醇类转化为口感更为舒适的果味酯香，较高的温度会促使酯类物质的生成。
接近二次发酵尾声的时候，悬浮的酵母发生凝聚沉降，随后啤酒就变得清澈，这表示装瓶时机已到。高分子量的蛋白质在这个阶段同样会沉淀出来，丹宁/酚化合物会结合这些蛋白质一起沉淀出来，使啤酒口味更圆顺，用冷却啤酒的方式对这个过程很有帮助这与陈酿过程（lageringprocess）非常相似。在酿造爱尔型啤酒的情况下，这个过程叫冷熟成（ColdConditioning），在众多的自酿啤酒馆和微型酿酒厂中是一个很通行的做法。经过一个星期的冷熟成不管使用或者不使用澄清剂都可以使啤酒变得更澄清。将澄清剂如鱼胶、Polyclar(商品名)或者明胶加入到发酵桶中有助于加速凝聚过程并促使导致浑浊的蛋白质和单宁沉淀。澄清剂的使用大多数是强调为了克服所谓朦胧美的冷混浊，其实滴入这些化合物的真正好处在于改善啤酒的味道和稳定性。
8.4使用二次发酵桶
使用两阶段发酵需要对整个发酵过程有很好的理解，无论在什么时候转桶，都有可能暴露在氧气和受污染的潜在风险，减少二次发酵桶的顶部空间大小是很重要的，顶部空间被持续发酵的啤酒所产出的二氧化碳所清除，这也会降低氧气暴露面积，由于这个因素塑料桶要作为二次发酵桶就有点不太适用，除非转桶时仍处于主发酵阶段但已经出现迟缓而仍持续有稳定地泡泡出来。5加仑玻璃罐最适合用于二次发酵桶，塑料罐就不太好因为氧气容易渗入而导致老化。
以下是使用二次发酵桶的一种通用程序：
1.让主发酵过程逐步停止下来，当接种后-6天（拉格型啤酒需要4-10天）冒泡率急剧下降到每分钟只有1到5个泡泡出现时，发酵高泡将开始沉淀到啤酒中去。
.使用一根消毒过的虹吸管（不要吮吸或喷洒！），将啤酒转桶并与渣质分离，转入另外一个清洁的发酵桶并附上一个气封阀，这时啤酒仍相当浑浊并有悬浮酵母。
在主发酵已经或多或少完成以后，任何时候都可以从主发酵桶中将啤酒转桶。（尽管已经超过三个星期，或许可以装瓶。）多数的酿酒者会注意到转桶之后活性会有短暂的增加，但是紧接着所有的行动可能都会停止，本质上它不是另外的一个主发酵过程，只是由于扰动将溶入的二氧化碳溢出了溶液，所以这很正常。发酵（熟成）仍然在进行，把它丢在一边不去管它。二次发酵最少需求时间是两个星期，过长的二次发酵时间（对于淡色爱尔型啤酒来说，超过六星期）可能会要求在装瓶的时候额外加入新鲜的酵母来获得很好的碳酸气饱和，通常要与最初使用的一样，这种情形一般不是